LEGO® Marvel™ Super Heroes có một câu chuyện nguyên gốc xuyên suốt toàn bộ Vũ trụ Marvel. Người chơi sẽ điều khiển Iron Man, Spider-Man, Hulk, Captain America, Wolverine và nhiều nhân vật Marvel khác khi họ đoàn kết để ngăn chặn Loki và một loạt nhân vật phản diện Marvel khác lắp ráp một siêu vũ khí có khả năng hủy diệt thế giới.