Sau các sự kiện của Trails from Zero, Bộ phận Hỗ trợ Đặc biệt nhận thấy mình có những thành viên mới và nhiệm vụ mới. Tuy nhiên, căng thẳng gia tăng ở Crossbell cùng với áp lực từ hai cường quốc chính trị láng giềng đe dọa đến sự an toàn của quê hương họ cũng như sự liêm chính của đội họ.