Sau các sự kiện của Crysis gốc mang tính đột phá, người ngoài hành tinh đã quay trở lại một thế giới bị tàn phá bởi thảm họa khí hậu. Khi những kẻ xâm lược tàn phá New York và bắt đầu một cuộc tấn công đe dọa sự hủy diệt hoàn toàn của loài người, chỉ có bạn mới có công nghệ để lãnh đạo cuộc chiến chống trả. Vào vai một siêu chiến binh được trang bị Nanosuit 2.0 nâng cấp, bạn phải thích nghi với chiến trường bằng cách sử dụng các khả năng Tàng hình, Giáp và Sức mạnh thay đổi trò chơi của nó. Tùy chỉnh Nanosuit và vũ khí của bạn trong thời gian thực và mở khóa những sức mạnh mới đáng kinh ngạc khi bạn chiến đấu vì sự sống còn của nhân loại.